1930年12月，警备司令部和军校教导第1师合并整编，整编之后改称警卫师，下辖步兵两个旅又两个团，共八个团，还有炮兵一个团及其他配属部队：原军校教导第1师第1、2、3团改编为警卫第1旅；原警备司令部第1、2、5团改编为警卫第2旅；原警备司令部第3、4团改编为警卫师特务第1、2团。

1931年3月，警卫师升格为警卫军，下辖两个两旅四团制的警卫师，分别是警卫第1师和警卫第2师。

1931年12月，因为九一八事变和两广事变，蒋介石第二次下野，警卫军随即被裁撤，警卫第1、第2师分别改编号为第87师和88师。之后，又将87师和88师的补充旅整编为第36师。因此，第36、87、88师这三个由国民政府警卫军演变而来的部队，就形成了中央军嫡系中的警卫军系。在中央军系统中，还有好几个不同的派系，如陈诚的“土木系”、以13军为核心的汤恩伯系、以第1军为核心的胡宗南系等，但警卫军系是从蒋介石的警卫部队发展而来，一直都是由蒋介石直接掌握，是蒋介石最亲信最倚重的嫡系部队。

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