于是大禹开始对淮河开始治理，也就是我们说的治理水患。大禹和无支祁在桐柏山开始展开了决战。但是由于无支祁的凶猛，大禹和其手下战将（九龙、乌木、童律等）一起上阵仍不能取胜。

当地的部落对大禹也是阳奉阴违，不愿出力，劝大禹及早撤兵。这更引起了大禹打败无支祁的意愿和决心。

在一直落败的情况下，大禹请来了上古战神应龙。其时应龙在战蚩尤后也被伤损了元气，当时都没能回到天庭，虽经若干年的修养，但仍达不到当年的巅峰状态。为了确保胜利，大禹当时还招来夔龙。当时无支祁是想做东海之王，这对于龙族之祖应龙来讲当然是不能容忍的。所以此战也非常惨烈。

据记载，虽有大禹和夔龙帮忙，但真正与无支祁对战的还是应龙。大禹用量天尺镇水，让无支祁失去水的优势。夔龙防止无支祁召唤天雷风电。最终无支祁不敌应龙。被活捉。（上古史典记载是庚辰擒巫支祁，后经学者们论证，巫支祁就是无支祁，庚辰就是应龙。）

无支祁被擒后，它手下的山妖、木魅、鸱脾、石怪、桓胡、水灵等十万妖怪虽被大禹打败，但是并没有尽歼。所以淮河水患曾持续很长时间。而无支祁被擒后，并不悔错，各种不服，仍在使用各种手段。

最后大禹用天宫异宝锁天链，穿其琵琶仙骨。然后四肢又锁四条神链，以铃穿鼻，把它压在军山（龟山）下枯井之中。使其不见天日，难见水源，更利于镇守。这样，无支祁才被制服。

不可否认的是，无支祁在上古典籍中，一方面以祸患江淮，被大禹制服的妖仙被记载。另一方面又被以孝子形象被称颂，以正神身份被供奉。

这也是后来大家认为无支祁是孙悟空原型的原因。因为无论从形象上还是逆天、不受约束的个性上，它们都有诸多相似之处。但从记载上对比来说，无支祁的战力可比孙悟空厉害多了。

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