在阵容上，除了第一季的佘诗曼外，其余主演均数回归，并且除了TVB的以外，内地演员郑恺、曾舜晞等都有一些露脸的镜头。由于《使徒行者2》是《使徒行者》的前传，《使徒行者3》又是《使徒行者》的后传，让很多观看追剧时有一些疑惑。而如何能够将前两季的内容完美串联到一起，还是需要很多剧情来介绍的。

在前八集剧情中，林峯饰演的爆seed的线人朱倩在一次行动中，被韩建义的人抓走，最后被活活割走了肝脏等重要器官。而韩建义表面上是一个正直的医生，背地里却干着器官买卖生意。为了捣毁这个组织为朱倩复仇，爆seed独闯虎穴，多次隐忍，最后成功将韩建义绳之以法。这次行动中除了爆seed外，卓凯和韦作荣也有很大的功劳。

马国明饰演的韦作荣在第二季的末尾就给人留下很大的悬念，而在第三季出现时却是以保安局调查人员的正派身份登场，并且协同爆seed捣毁了器官买卖的黑市。很多人都以为韦作荣是一个正派角色，其实他的身份非常可疑。而且如第二季末尾所说的那样，他是回来复仇的，而他的复仇对象正是那些捣毁长兴的卧底们。

韦作荣真实姓名是魏德礼，是前长兴坐馆魏德信的弟弟。当初魏德信坐镇长兴，令长兴的事业风生水起。而阿梅、天堂等几个卧底和卓凯携手破案，将魏德信的事业全部捣毁，魏德信最后也因此丧命。魏德礼借用韦作荣的身份重回香港，并且在警队创立了新的SIA，就是希望通过自己的手段揪出所有卧底，为自己的哥哥魏德信复仇。

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