1919年2月，有“旧学卫道士”之态的古文学家林纾在上海《新申报》上发表文言小说《荆生》，恶意讽刺和影射蔡元培、陈独秀等北大新派人物，而这篇文章正是作为《新申报》特约记者的张厚载所投寄推荐的。3月初，上海《神州日报》上一个不定期栏目“半谷通信”陆续刊登“北大文科学长将易席，陈独秀即将卸职”的消息，一时间舆论哗然，这个栏目为张厚载在课余主持，因此北大很快将造谣者锁定为张厚载。在胡适的来信反驳下，张厚载不得不发布声明，表示所传尚未确实，属无稽之谈，但非刻意为之。《北京大学日刊》也刊出《蔡校长致神州日报记者函》，对陈独秀辞职，胡适、陶孟和、刘半农三人因思想激烈受政府干涉的不实报道作出了说明。尽管如此，陈独秀还是认定张厚载因旧戏问题的争论与《新青年》结怨，借故传播谣言中伤异己。此时，林纾的另一篇影射小说《妖梦》经张厚载之手再次寄往《新申报》，出乎意料的是蔡元培在同一时间向林纾发出了为“明遗老刘应秋先生遗著”题辞作序的邀请。面对蔡元培的好意，林纾自感有愧，忙致信张厚载通知上海停登，无奈时间不及，稿已刊出。3月18日，《公言报》将污蔑北大新派人物沆瀣一气的《请看北京学界思潮变迁之近状》与林纾意与蔡元培修好的《致蔡鹤卿太史书》一起发表，隔日《妖梦》开始在《新申报》连载。误会愈演愈烈，张厚载随后致信蔡元培，说明了林纾曾让他追回《妖梦》一事，表示“稿已寄至上海,殊难中止,不日即登出。倘有渎犯先生之语,务乞归罪于生。先生大度包容,对于林先生之游戏笔墨,当亦不甚介意也。”3月21日，一向不喜谩骂轻薄的蔡元培回信，反问张厚载“爱护母校之心，安乎？否乎？”并登出《蔡校长致公言报函并附答林琴南君函》，条分缕析，逐条批驳，维护了北大的声誉，保护了陈独秀、胡适等新派教授。3月24日，林纾发表《再致蔡鹤卿书》，检讨了自己此前的孟浪，称自己“浅衷狭量”，与蔡元培“雍容大度兼收并蓄相去远矣”，此番争论方才作罢。

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