但从历史剧角度而言，《军师联盟》似乎面临了一些“麻烦”。在播出的第一集中，华佗因给曹操治病，需实行“开颅”之术，多疑的曹操将其定罪，立刻处死。而华佗在“赴死”之前，仿佛未卜先知，将其毕生挚爱——五禽戏传授给司马懿。
从这开始，该剧的时间线便开始错乱。
历史上华佗确实死于曹操之手，并死于官渡之战之前。从华佗给张春华剖腹产来看，出生的孩儿必定是司马师，因此该剧的背景时间应该是建安十三年（208年）。但编剧似乎应该是为了凸显曹操残暴本性，上演了一场历史上著名的“衣带詔事件”。但史书记载，衣带詔事件发生于建安五年（200年），这也就意味着该剧将其时间整整拖延了8年。
此外，剧中袁绍的存活时间也与史实有所出入。历史记载袁绍在平定翼州之后，元气大伤，两年后惭粪病死，死于建安七年（202年）。而《军师联盟》的背景是在建安13年，司马师已经出世，袁绍仍存活于世，这难道是在“诈尸”？
以这两大事件时间错乱为标志，导致该剧其后面的时间线均“对不上”。无论是杨修大赞曹植的诗作，还是早应该“死掉”的郭嘉劝曹操不杀华佗等事件，都相应的出现了“历史崩盘”局面。至于，剧中出现的称谓对不上、丑化郭嘉杨修衬托大男主司马懿等事件，与时间线错落相比，都只是小巫见大巫。
作为主演及文学监制的吴秀波曾在媒体面前公开表态，“《军师联盟》的制作本着三个理念：第一、态度时尚化；第二、戏剧张力化；第三、制作精良化。”抛去时间线错落等问题，首播的前两集中，编剧将诸多历史事件安排在一起，的确增强了该剧的戏剧张力。这或许是在暗示《军师联盟》的定位更偏向于权谋剧？
“无广告植入”啪啪打脸？“老九门”式中插广告疯狂来袭
四年磨一剑、四亿总投资、拍摄近一年、无广告植入、一线演员搭配老戏骨......《军师联盟》自传出制作消息以来，一直被各家媒体这样“赞誉着”。不可否认的是，从曝光的7分钟预告片以及播出的前几集来看，的确具有大剧品相。但不尊重历史史实，也成为该剧不可掩盖的污点。
