《新木乃伊》最初的剧本故事由乔·斯派茨创作，他此前的编剧作品还包括《奇异博士》与《普罗米修斯》。阿汤哥加盟之后亲自招来与他合作过《侠探杰克》、《碟中谍5》等片的克里斯托夫·迈考利与迪伦·库斯曼重新改写剧本，将自己在片中扮演的角色尼克·莫顿塑造的更加有“汤姆·克鲁斯范”，与原始剧本里莫顿是个年轻人的设定相去甚远。同时重新改写的剧本将阿汤哥的戏份大副增加。在最初的剧本中，莫顿与木乃伊女王的戏份是五五开，而上映之后的电影里莫顿却是不可动摇的故事核心。新剧本还给阿汤哥加入了很多邪灵附身这种强烈戏剧化的桥段，据说虽然环球的高层对这版剧本并不满意，但还是同意了按照阿汤哥的设想去拍。
影片的艺术指导弗兰克·沃尔什（《猎神：冬日之战》、《沉睡魔咒》、《权力的游戏》）谈起《新木乃伊》时表示汤姆·克鲁斯的加盟就是影片制作的分水岭，“这部电影可以分成两半：前汤姆时期和后汤姆时期。我听说他会推动每一件事情，不断推进再推进。和他共事非常棒。这个人是一位伟大的电影人，懂得自己的工作。他会走进片场，然后告诉导演应该做什么，比如说’这不是正确的镜头角度‘之类的，还会询问布景的问题，只要你告诉他的东西不出错就行.......他是个很好共事的人。”
环球“黑暗怪物宇宙”的五巨头
《新木乃伊》拍摄结束之后，汤姆·克鲁斯的影响力还在持续。安德鲁·蒙德谢恩被招来与另外两位剪辑师一起工作，蒙德谢恩与阿汤哥有着长期合作关系，阿汤哥主演的新片《美国制造》同样由他负责剪辑。《新木乃伊》的剪辑团队在阿汤哥的镜头处理上出现过意见分歧，结果呈现在银幕上的效果并不理想。
不过在环球影业最近的一次声明中，他们否认汤姆·克鲁斯对《新木乃伊》的制作有负面影响。环球的发言人称：“汤姆参与每一个项目时都很投入并且乐于奉献，现今我们这行里的很多人都没法与他相比。他是一位真正的搭档与创意合作伙伴，他在参与任何电影项目时的目的都是为了给观众提供一场真正的电影观赏体验。”在环球的背书之下，《新木乃伊》仿佛成了汤姆·克鲁斯一个人的电影。
就在影片上映前夕，环球对该片的首周末票房预期已经下调到了4000万美元。可是现实更加残酷，《新木乃伊》在北美开出的3168万美元首周末票房不仅回本成疑，也让人们开为“黑暗怪物宇宙”的未来感到担忧。经历了《新木乃伊》的溃败以后，环球未来还有哈维尔·巴登主演的《弗兰肯斯坦的新娘》（有传言称安吉丽娜·朱莉也会加盟）、约翰尼·德普主演的《隐形人》等多部影片等待启动。想要建立一个真正可以吸引观众的“黑暗怪物宇宙”，环球还有很长的路要走。
