为了写这部小说，钱莉芳查阅了大量历史书籍和野史逸文，“我写《天意》的时候才二十多岁，人生阅历、社会经验的积累都有限，因职业需要而进行的大量阅读帮助我开拓了眼界，使作品不至于过于肤浅。”
梁振华表示，小说版《天意》将人类文明的起源归结为外星飞船的一次意外搁浅，外星生物锁定那个年代最杰出的英雄，帮他完成一个任务以帮助自己离开这个星球。改编时也把这个设定保留下来，剧中整个科幻设定及整体的任务线和故事的起承转折，也与小说保持一致。
但考虑到小说篇幅只有10万字，作者概括化处理了一些具体的史实，如鸿门宴、暗渡陈仓、垓下之战等，剧集在不脱离原著设定框架且符合逻辑的基础上，也创作了大量新情节。
最大的创新在于女主角的设定。据梁振华介绍，原著小说中的女主角季姜（海铃饰）在下半部分才出现，只是韩信的一个侍女，“几乎可以说这部小说里面没有女主角”。所以改编时不仅要补足这个女主角，更重要的是要将她设置为现代文明的符号。带入一些现代文明的科技和思想，“否则只有韩信、张良等人，很容易让人误以为是翻版的《楚汉传奇》。”梁振华说。
在小说中韩信拿了外星人的武器摧毁了飞船之后，就将这个武器传给了季姜，让季姜守护人类文明，活了两千年活到了今天。改写剧本时，创作团队干脆将这个季姜变成了科幻小说家钱小芳。钱小芳写科幻小说时正好时空折叠，进入了她写的这个时空，在经历过这个时空的种种之后她还是回去了，并完成了这本科幻小说《天意》。对于这个设定，钱莉芳表示，改动很有趣。
所有小说改编剧都面临平衡原著粉丝和新观众需求的难题。梁振华表示，在改编过程当中，制作团队非常尊重钱莉芳的整体设计，包括她的观念，她的科幻逻辑，以及主角的叙述线索，几乎都没有动。
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