这之后，王永庆便下达了对王文洋的“免职令”，免去其在台塑的一切职务。这样的局面不是王永在乐见的，他一直将家族团结视为最高目标，信奉“一把筷子折不断”的哲学，他不愿意看到王永庆父子反目，于是私下做主将“免职”改为“停职一年”。可惜王文洋去意已决，他跑到大陆自立门户，再未归来。
王文洋的离去，让王永庆不得不重新安排接班人。王永庆还有一个儿子，是二房的王文祥，但王文祥不适合接班，他一直在美国工作，在台塑台湾总部没有根基，而三房则没有儿子。
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在这种局面下，王永庆只能选择由王永在的长子王文渊接班。
王文渊在长相上与王永在极为接近，但在性格上却更像王永庆。从小到大，他的学业和工作都由王永庆一手安排，从小学四年级到初一，他更是在伯父王永庆家生活。有媒体报道称，王文渊发脾气的样子与王永庆简直一模一样。
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让王文渊最终接班的，除了王永庆的首肯，还包括王永在的实力。从财务角度讲，王永在的身家与王永庆在台湾的身家相当，就拿遗产来说，王永庆在台湾的遗产接近600亿元新台币（2008年），王永在则为700亿元新台币（2014年）。除了拥有与哥哥相当的股权外，王永在还有另外两个能干的儿子——王文潮和王文尧，他们都毕业于海外名校，也都在台塑担任要职，可以拱卫王文渊的地位。
2006年，台塑对外公布接班方案，王永庆、王永在兄弟退休，将行政权交给新成立的“七人小组”。“七人小组”由王永庆三房的两位女儿王瑞华和王瑞瑜、王永在的两位儿子王文渊和王文潮，以及三位台塑元老组成。职务方面，王文渊担任集团总裁，是七人行政小组的首脑。2011年，七人小组又引进两名职业经理人，变成“九人小组”。
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这样的安排确保了公司领导权的顺利交接。这之后，王文渊带领台塑稳步发展，再创新高，公司年营收从接班前（2005年）的1.43兆元新台币，跃升至王永庆辞世时（2008年）的2.18兆元新台币。
不过，台塑的挑战并未就此结束。王永庆去世后，其家族一度闹出“争产风波”，不但王文洋与三房跨海争产，而且出来三位自称“四房子女”的人，也要求分家产。面对这种局面，王永在出面主持家族会议，他对着一众二代子女痛心疾首地说，自己和哥哥创业70多年，从未想过分家产。“我还在，是要分什么啦！”
王永在的表态极大稳定了台塑上下的人心，也使争产风波渐趋平息，将负面影响降至最低。这之后，他还向自己的子女强调“和平共掌”家族企业的理念，表示自己百年之后也不允许分家。为了确保这一点，已罹患阿尔茨海默病（俗称“老年痴呆”）的他，在自己清醒时以录像的方式立下遗嘱，将自己名下的财产全部委托王文渊处理。
遗嘱中，王永在还对自己和哥哥共同成立的长庚纪念医院基金会以及海外五大信托的管理权做出明确规定，将这些资产交由王永庆的二房、三房和自己的大房、二房四家共管，每家则自行推举代表。
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华商韬略此前曾报道过长庚纪念医院，这是一家由王永庆、王永在联合创立的，以市场化手段运作、但坚持非营利性原则的民营医院，是台湾民营医院的领军者，极大地改善了台湾的医疗环境。为了支持长庚医院的长远发展，王永庆和王永在捐出大量个人股票成立基金会，这些股票的价值到21世纪初已高达1000亿元新台币。王永在到生命的最后阶段，仍牵挂着这项惠民事业。
2014年11月27日，王永在在家中安详辞世，享年93岁。葬礼上，王文潮在接受采访时说，“我父亲也不需要立遗嘱交代什么，因为我们都清楚他的想法，他就是希望台塑企业能永续经营，家族能和睦共处。”
