《盗墓笔记重启》发生在小哥从青铜门出来之后，故事主要分为两个部分：南海王墓和雷城两部分。在重启中，吴邪的麒麟竭失效，众人为吴邪寻找治病的方法。

吴二白在这一部里登场，为了不让吴邪再下墓，吴邪二叔吴二白亲自带队寻找雷城。与此同时，在吴家看守的十一仓中，吴邪发现了张大佛爷和他的夫人伊新月，两人被放在水底棺椁中。十一仓库位于山上，规模很大，是九门的仓库，除了存放物品还存放了枉死的无主遗体，因为死因未明又无人主持公道，所以二叔会代为查验，查不出来的放满11年，就会火化倒入江河，这应该就是十一仓这称呼的由来。

很久之后，二叔传来消息，说黑瞎子和小哥死在了墓中，吴邪决定立刻前往，他不相信这二人会死。但是由于二叔的原因(不让别人与吴邪夹喇嘛)，吴邪找不到人夹喇嘛。几番折腾终于找到三个人，加上胖子和吴邪的小迷妹白昊天。白昊天所在的白家与吴家世代交好，白昊天听雷很多小三爷的故事，很崇拜他。六人一同前往福建，找到了二叔的落脚点。

故事的另一重要人物——焦老板，在这里出现，吴邪惊奇的发现，焦老板手下竟是汪家人的余部，可见其身份不一般。小花的队伍在这里失踪，除此之外吴邪还遇见了阿宁的弟弟(也是焦老板手下的一员)。焦老板的确不是一般人，他能听出雷声中隐藏的秘密，这似乎令人匪夷所思。考察过后，吴邪发现他们也在找雷城，因为不想与他们正面产生冲突，吴邪一行人躲了起来，暗中侦查前进。

神秘的气象队曾给三叔留了一句话：我们再也见不到了，但是未来有一个机会，和你侄子有关。关于吴邪的死。我认为这是可信的。关于吴邪的死，应该是真的，相信很多人都有这个感觉，这种应该没有必要随意推测。小说也不可能写到，这一定关于吴邪的死，这没有趣味了。

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